PRAKTICKÝ KURZ BIOINFORMATIKY

Užitečné odkazy:

National Center for Biotechnology Information (NCBI) - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Genomes Online Database - GOLD - http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/index.cgi/

DOE Joint Genome Institute - http://www.jgi.doe.gov/

Broad Institute - http://www.broadinstitute.org/

Sequence utilities - http://molbiol.ru/eng/scripts/01_12.html

Web Cutter - http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/

CAP3 sequence assembly - http://pbil.univ-lyon1.fr/cap3.php

Chromas Lite - http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.html

MAFFT - http://mafft.cbrc.jp/alignment/server/

CLUSTAL - http://www.clustal.org/

SMART - http://smart.embl-heidelberg.de/

Pfam - http://pfam.sanger.ac.uk/

HMMER - http://hmmer.janelia.org/

HHpred - http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred

CBS Prediction Servers - http://www.cbs.dtu.dk/services/

Myristoylator - http://web.expasy.org/myristoylator/

Gblocks server - http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html

MEGA - http://www.megasoftware.net/

Phylip - http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

PhyML - http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/

CIPRES - http://www.phylo.org/sub_sections/portal/

iTOL - Interactive Tree of Life - http://itol.embl.de/

Soubory:

Výsledky sekvenování - CCALA514.rar

Testovací sekvence - sekvence1

Testovací sekvence - sekvence2

Testovací sekvence - sekvence3

Testovací sekvence - acarab_gene

Testovací sekvence - DdiPats1

Testovací sekvence - robC2

Testovací sekvence - targetovaci_sekvence

Testovací sekvence - myristoylace

Testovací alignment - Eustigmatophyceae_18S.aln

Testovací alignment - Trachydiscus_tree.phy

Testovací alignment - RAB.phy